دومین اتهام مهم دیگری که شیخ فضل‌الله علیه مشروطه‌خواهان در اعلامیه‌ها طرح کرده، این است که آنها ایده اصلی نهادی را که علما خواستار آن بوده، منحرف کرده و به‌جای آن بنای پارلمان اروپایی را گذاشته‌اند. باید «بین دارالشورای کبرای ملی اسلامی شیعی جعفری و پارلمنت‌های فرنگ فرق بگذارند.» او به‌ویژه از اینکه کلمه اسلامی از عنوان اولیه مجلس حذف شده، ناراحت بود. شیخ فضل‌الله مجلسی را که علما خواهان آن بودند، چنین توصیف می‌کند: «مجلس، دارالشورای کبرای اسلامی است و مساعی مشکوره حجج اسلام و نواب عامه امام قائم (عج) شده و برای خدمت و معاونت به دربار دولت شیعه اثنی‌عشری و حفظ حقوق و پیروان مذهب جعفری تاسیس شده است.» او بر بیان اسلامی مجلس که علما خواستار آن بودند تاکید بسیار داشت. معتقد بود که مجلس شورای ملی و مشروطیت تا زمان بست‌نشینی در سفارت انگلستان، شنیده نشده بود.

از نظر او علما خواستار مجلسی براساس اسلام، قرآن، شریعت و اصل امر به معروف و نهی از منکر بودند. برعکس بعد از تاسیس مجلس بابی‌ها و اشخاص لامذهب ظاهر شد. وی درباره آنان چنین اظهار می‌کند: «اینها کفار و بدعت‌گذارانی هستند که مفاهیمی چون «شورای ملی»، «آزادی»، «برابری» و «قانون‌اساسی» را که همگی لباس‌های دوخته شده بر هیات بیگانه و خارج از قانون الهی و کتاب مقدس است رواج می‌دهند. نفوذ آنها به اندازه‌ای است که هر مجلسی که در این شرایط تشکیل شود از هر ۱۰ عضو آن چهارتایشان دهری مسلک، یکیشان بابی، دو نفرشان فرنگی مآب و سه نفرشان منکر مذهب شیعه جعفری خواهند بود.»مشروطه مشروعه پیشنهاد شیخ‌فضل‌الله برای وضعیت امور موجود بود. این عبارت یکی از اهداف اعلام شده مشروطه‌طلبان قبل از انقلابی بود و در سال ۱۹۰۵ زمانی‌که پیروان آیت‌الله سیدمحمد طباطبایی تلاش می‌کردند تا شیخ فضل‌االله به پیوستن به جریان اصلاح‌طلبی ترغیب شود، مورد استفاده قرار گرفت.