با این مشکلات، پس از استبداد صغیر مشکل کمبود نان حادتر شد؛ زیرا ناامنی و هرج و مرج در سطح کشور بیشتر شد و تمام راه‌های منتهی به شهر ناامن شد. در نتیجه ورود غله از خارج شهر مشکل و پرهزینه شد. همچنین تجاری که سرمایه آنها به واسطه ناامنی، امکان گردش نداشت، سرمایه خود را در داخل شهر با خرید و فروش و دست به دست کردن ارزاق مردم، به جریان می‌انداختند که این امر خود به گران شدن ارزاق منتهی می‌شد. افزون بر این، تعدادی از افراد بانفوذ در شهر که خود از محتکران بودند، اکنون بخشی از اعضای اداراتی بودند که باید در رفع مشکل کمبود نان با اداره بلدیه همکاری کنند (رجایی، ۱۳۸۵: ۲۷۵).

طبق قانون،  بلدیه مسوول تهیه ارزاق شهر بود؛ اما بلدیه توان اجرایی و مالی لازم را نداشت. حاکم شهر هم که خود یا شریک ملاکین و اعیان شهر بود (دهقان نیری و همکار، ۱۳۹۰: ۱۱) یا توان درافتادن با محتکران را نداشت یا  با بلدیه همکاری نمی‌کرد. در نتیجه تلاش‌هایی که برای رفع مشکل کمبود نان و جلوگیری از محتکران می‌شد، اغلب بسیار کوتاه‌مدت و بی‌نتیجه بود. برای مثال با اینکه قرار شد صاحبان غله شهر طی فهرستی که بلدیه ارائه داد، مقدار مشخصی گندم به مبلغی معین تحویل دهند، اما فقط در حدود نیمی از این مقدار را تحویل دادند و حاکم شهر در جواب بلدیه برای دریافت مابقی غله اعلام کرد که از مقام خویش استعفا داده است (روزنامه زاینده‌رود، س۲، ش ۴۴، ۲۰ ذی‌الحجه ۱۳۲۸ق). یا اینکه سردار اشجع، حاکم بختیاری شهر، با اینکه از چهارمحال گندم وارد می‌کرد؛ اما جلوی خروج گندم از شهر را نمی‌گرفت (چلونگر، ۱۳۸۸: ۵۶).

سردار اشجع بعد از حدود ۹ ماه، در شوال ۱۳۲۸ق/  اکتبر ۱۹۱۰ م، از حکومت اصفهان استعفا داد و معتمد خاقان حاکم اصفهان شد (رجایی، ۱۳۸۶: ۱۹). اندکی بعد طی انتخاباتی که در انجمن ولایتی صورت گرفت، محاسب‌الدوله به ریاست انجمن رسید (رجایی، ۱۳۸۶: ۲۰). «میرزا آقاخان محاسب‌الدوله» شخصی مشروطه‌خواه، تحصیلکرده و از شاگردان ممتاز دارالفنون بود. او ابتدا به‌عنوان ناظر دولت در بانک شاهنشاهی ایران به اصفهان آمد و به واسطه فعالیت در انجمن‌های خیریه، ‌شهرت و اعتباری در اصفهان به دست آورد (جناب، ۱۳۹۵: ۵۰؛ جناب، ۱۳۸۵: ۶۵-۶۴). بعد از محاسب‌الدوله، شخص دوم انجمن «کمال‌الدین شریعتمدار»، یکی از پسران آقانجفی و نماینده علما در انجمن ولایتی بود. او به علت ثروت فراوان و استفاده از مقام عالی  ریاست روحانی پدر، نفوذ زیادی در انجمن داشت (الفت، ۱۳۸۴: ۱۱۱). بین این دو بر سر نفوذ در انجمن ولایتی و همچنین نحوه ارتباط با حاکم شهر، معتمد خاقان، رقابت و اختلاف وجود داشت. چنان که در یکی از روزها که جلسه انجمن ولایتی تشکیل شد، حاکم به ناگاه وارد انجمن شد که کمال‌الدین شریعتمدار برای احترام از جای خود بلند شد؛ ولی محاسب‌الدوله دستش را روی شانه شریعتمدار گذاشت و او را بر زمین نشاند و گفتاری اهانت‌آمیز بین آن دو درگرفت. این مساله باعث ناراحتی شریعتمدار و قهر او شد؛ به طوری‌که انجمن را ترک کرد، اگرچه اعضای انجمن با عذرخواهی او را برگرداندند و سعی کردند رضایتش را جلب کنند (جناب، ۱۳۹۵: ۵۱). علاوه بر این، پسر محاسب‌الدوله، میرزا اسدالله‌خان مصفی که کفیل مالیه اصفهان بود با معتمد خاقان بر سر پرداخت حقوق، اختلاف‌نظر داشت؛ به گونه‌ای که کار آنها به درگیری و دشنام کشیده شد (جابری‌انصاری، ۱۳۲۲: ۳۶۳). توضیح اینکه در آن ایام تعدادی از منتفذین و بزرگان اصفهان مبلغی در سال به نام مستمری دریافت می‌کردند که متصدی ثبت این مستمری‌ها افرادی مانند میرزا نصرالله مستوفی از وابستگان ظل‌السلطان (مجلسی، ۱۳۶۳: ۲/ ۸۵۵) و میرزا اسدالله خان، پیشکار سابق ظل‌السلطان، (همایی، ۱۳۹۵: ۷۰۴) بودند. با کفالت پسر محاسب‌الدوله بر امور مالی، بین او و حاکم شهر به تحریک وابستگان ظل‌السلطان اختلاف و درگیری ایجاد شد (جابری انصاری، ۱۳۲۲: ۳۶۳). حاکم شهر با بلدیه هم اختلاف داشت و حتی می‌خواست بلدیه را منحل کند و از نو تشکیل دهد که باعث اعتراض و مخالفت شد (روزنامه زاینده‌رود، س ۳، ش ۳، ۱۰ صفر ۱۳۲۹ق).

با این اختلاف‌ها در سطح مدیریت شهری و کمبود نان در شهر و ناامنی در راه‌ها، شهر در حال التهاب بود. عده‌ای از اهالی برای رفع مشکل کمبود نان به انجمن ولایتی و بلدیه فشار می‌‌آوردند، بازارها بسته شد و حاکم شهر دو بار رئیس بلدیه را عوض کرد (روزنامه زاینده‌رود، س ۳، ش ۱۳، ۲۷ ربیع‌الثانی ۱۳۲۹ق). اعضای انجمن ولایتی در اعتراض به حاکم شهر و بر اثر درگیری‌های لفظی که بر سر رفع مشکلات، بین آنها پیش آمد، طی تلگرافی به تهران در شکایت از حاکم شهر، استعفا دادند، که با مخالفت انجمن علما، قوی‌ترین تشکل موجود در شهر، دوباره تشکیل شد (روزنامه زاینده‌رود، س ۳، ش ۱۴، ۵ جمادی‌الاول ۱۳۲۹ق)؛ ولی تلاش‌هایی که برای رفع مشکلات صورت گرفت، همگی موقت و بی‌اثر بودند. در نتیجه مساله اغتشاش و کمبود نان بیشتر شد تا اینکه در روزشنبه مورخ ۷ جمادی‌الاول ۱۳۲۹ق/  ۶ مه ۱۹۱۱م،  شهر در یک حالت اغتشاش و هیجان شدیدی قرار گرفت. در صبح این روز انجمن ولایتی تشکیل جلسه داد و جلسه بدون بحث درباره مشکل کمبود نان پایان یافت. اول صبح، بازاری‌ها می‌خواستند دکان‌های خود را ببندند که وثیق‌الملک، رئیس بلدیه، به بازار رفت و آنها را آرام کرد؛ هرچند عده‌ای به بلدیه رفتند و از کمبود نان شکایت کردند. اما نزدیک ظهر، یک‌باره دکان‌ها بسته شد و عده‌ای به طرف بلدیه به راه افتادند و به این اداره حمله‌ور شدند که نتیجه آن، کشته شدن حاج محمدجعفر خوانساری بود (روزنامه زاینده‌رود، س ۳، ش ۱۵، ۱۲ جمادی‌الاول ۱۳۲۹ق). گزارش منابع در این مورد با اندکی اختلاف، همه حکایت از این دارد که این عده افراد شروری بودند که طبق برنامه به بهانه کمبود نان به بلدیه حمله کردند و خوانساری ر ا کشتند. طبق گزارش جابری انصاری، عده‌ای از اشرار به زنی یک نان بی‌کیفیت  ساختگی را می‌دهند و او را جلو می‌اندازند که وارد اداره بلدیه شود. در آن هنگام حاج محمدجعفر خوانساری، معاون بلدیه، حضور دارد. زن به او می‌گوید که ما این نان را می‌خوریم و خوانساری جواب می‌دهد که من در اصلاح کار نان جدیت دارم. آن زن بیرون می‌آید و به دروغ می‌گوید که فحش ناموسی داد. بنابراین اشرار وارد عمل می‌شوند (جابری انصاری، ۱۳۲۲: ۳۶۴). فضل‌الله مجلسی هم که از کارکنان اداره مالیه در آن زمان بود، جماعت حمله‌کننده به بلدیه را حدود صد نفر از اشرار اصفهان دانسته که در بین آنها زنی به نام سکینه بود که در شرارت و نانجیبی معروف بود (مجلسی، ۱۳۶۳: ۲/ ۷۱۲). جلال‌الدین همایی، ادیب و دانشمند پرمایه در علوم قدیمی که از مراجع تقلید زمان، اجازه روایت حدیث و اجتهاد داشت (خوانساری، ۱۳۸۵: ۵۸-۵۷) و در هنگام وقوع حادثه دوازده ساله بود و خود، جسد خوانساری را بر بالای بازار کلاه‌دوزان مشاهده کرد، مجریان این واقعه را «جماعتی از رجاله و آشوب‌گران اشرار زن و مرد به سردستگی عده‌ای از لوطیان و گروهی که به آشوب‌گری و شرارت در اصفهان معروف بودند.» می‌داند (همایی، مقدمه دیوان طرب، ۱۳۴۲: ۲۳۱-۲۳۲).

- به نقل از مقاله‌ای به قلم علی اکبر جعفری، مرتضی نورایی، سید رسول ابطحی، دو فصلنامه علمی- پژوهشی «ایران پس از اسلام» شماره ۱۷