میرزا محمد، کلانتر فارس، حکومت زکی خان را صد روز و مجمل التواریخ سه ماه نوشته است. عموم منابع او را بسیار خشن و سنگدل و ستمگر نوشته‌اند. کاپیتان فرانکلین سیاح انگلیسی او را خون‌آشام‌ترین و قسی‌القلب‌ترین حکام ایران نامیده است. به گفته میرزامحمدکلانتر فارس به‌خاطر اینکه بسیار سفاک و بی‌باک و غیور بود، عامه سپاهی و رعیت از او هراسان بودند و «به بانگ بلند می‌گفتند که با او رفتار نمی‌توان کرد.» این طبع خشن زکی خان و نیز در حاشیه قرار دادن فرزندان وکیل که در جامعه محبوبیت داشتند باعث مخالفت‌هایی پیدا و پنهان شده بود. صادق خان زند برادر دیگر وکیل از بصره بازگشته و چون از زکی خان هراس داشت به کرمان رفته بود و علیمرادخان زند خواهرزاده زکی خان هم که از سوی او برای انتظام صفحات تهران و عراق رفته بود دم از مخالفت می‌زد. در چنین وضعیتی زکی خان تمام ایلات و امرا و قشون شیراز را به اجبار از شهر خارج کرده و راهی اصفهان شد. اما پیش از آنکه جنگی رخ دهد در ایزدخواست در میانه راه شیراز و اصفهان درست به همان شیوه‌ای که نادرشاه کشته بود در چادرش به قتل رسید.

روایات مختلفی از دلایل قتل او وجود دارد. بعضی منابع خشونت او در قتل بعضی از مردم ایزدخواست و پیشوای مذهبی شهر را دلیل نارضایتی سپاه و قتل او می‌دانند اما مجموعا به نظر می‌رسد هراس ایلات و امرا از او و ایمن نبودن از خشم او و نیز هواخواهی ابوالفتح خان دلایل اصلی قتل او بوده باشد. در اردوگاه جنگی که آن شب در حوالی قلعه ایزدخواست متوقف بود، نیمه شب گروهی از سران ایلات به چادرش هجوم آورده و او را کشتند. تاریخ گیتی‌گشا قاتل او را خانعلی خان و جمعی از طایفه مافی و مورخ کتاب گلشن مراد، خانعلی خان و رضاخان مافی نوشته‌اند. مجمل‌التواریخ این شخص راجانعلی خان مافی آورده است. به روایت گلشن مراد، جسد او چند روز در کنار قلعه ایزدخواست افتاده بود و «لگدکوب طفلان و هر پاره‌ای از آن بر سر چوب بازیچه کودکی در جولان بود.»

با مرگ زکی خان مردم و بزرگان قشون، ابوالفتح خان پسر ارشد وکیل را که در اردو بود به شیراز آورده و بر تخت سلطنت نشاندند اما سلطنت او نیز دوامی نداشت و با اینکه گمان می‌رفت که با قتل زکی خان اغتشاشات پس از مرگ وکیل پایان گیرد، اما چشم طمع صادق خان و علیمرادخان زند به قدرت در سال‌های بعد باعث ادامه این درگیری‌ها شد و این سلسله اتفاقات طی ۱۶ سال بعد از مرگ وکیل، منجر به ضعف تدریجی زندیه و قدرت یافتن آقامحمدخان قاجار و در نهایت سقوط سلسله زند به‌دست او در سال ۱۲۰۹ ه.ق شد.