از همان زمان کودکی علاقه بسیاری به کشتیرانی داشت و در ضمن خودش را برای ورود به آموزشگاه دارالفنون آماده می‌کرد ولی در مسابقه پذیرفته نشد. روزگار چنین پیش آورد که روزی او با برادرش در کوچه ریشلیو چشمش به اعلانی افتاد که از گشایش کلاس زبان‌های شرقی (فارسی، ترکی و عربی) در آموزشگاه زبان‌های شرقی خبر می‌داد. ژوبر که ایتالیایی و انگلیسی می‌خواند یکباره مصمم شد که در این آموزشگاه نام‌نویسی کند و در این راه خیلی سریع پیشرفت کرد. وانتور که کنسول پیشین فرانسه در قاهره بود او را به‌عنوان یکی از مترجم‌های ارتش فرانسه تحت فرماندهی بناپارت برگزید.

هنگامی که لشکرکشی به شامات مطرح شد او همراه ژنرال بناپارت بود و خدمات شایانی در ترجمه و تدوین پیمان‌ها کرد. در جنگ‌های بیهوده‌ای که ارتش فرانسه با جزار پاشا می‌کرد به او در قاهره منصب مترجم مخصوص دادند و برای بناپارت روزنامه‌های انگلیسی را ترجمه می‌کرد.

در ۱۷۹۹م همراه بناپارت به فرانسه بازگشت. همین‌که بناپارت به خشکی پیاده شد خواست به شتاب خود را به پاریس برساند و در پی وسیله‌ای می‌گشت. به یاری ژوبر این کار انجام شد.

یک‌ماه بعد بناپارت فرمانروای فرانسه شد. از این تاریخ، زندگی ژوبر هر روز بهتر می‌شد. در ۱۸۰۰م دبیر مترجم وزارت‌خارجه و در آموزشگاه زبان‌های شرقی جانشین وانتور شد. بعدها چندین بار به سفرهای بیرون از کشور ماموریت یافت. در ۱۸۰۴ ناپلئون او را نزد سلطان سلیم سوم خلیفه عثمانی فرستاد تا به تخت‌نشینی خود را به آگاهی وی برساند. دو سال بعد به‌عنوان فرستاده ناپلئون نزد فتحعلی‌شاه به ایران آمد و در نزدیکی مرز ایران گرفتار سرپنجه پاشای بایزید شد و هشت ماه در اسارت بود تا آنکه دربار ایران از این ماجرا آگهی یافت و به‌سبب نامه‌های تند فتحعلی‌شاه به پاشای عثمانی ناچار شدند که او را آزاد کنند. چون به ایران رسید شاه با مهربانی او را پذیرفت و همراه خود به سلطانیه برد تا سان ارتش را ببیند و در هنگام بازگشت چندین نسخه کتاب خطی فارسی و خلعت دریافت داشت. ژوبر در ۱۸۰۹ عضو بنگاه شاهی هلند، در ۱۸۲۲ عضو بنگاه پادشاهی بلژیک، در ۱۸۲۳ عضو رابط انجمن آسیایی لندن و انجمن علوم شهر اکس شد و در ۱۸۲۹م در بستن پیمان آندرینوپل در جنگ میان روسیه و عثمانی شرکت کرد و به تنظیم امور مربوط به یونان همت گماشت و مانع کشتار ارمنی‌ها شد. در ۱۸۳۰ در قسطنطنیه عضو فرهنگستان هنرهای زیبا شد.

در ۱۸۳۸ مدیر آموزشگاه مخصوص زبان‌های زنده شرقی و در همان سال استاد زبان فارسی در کلژدوفرانس و نیز رئیس انجمن آسیایی شد. در همان سال همچنین عضو افتخاری انجمن آسیایی بنگاله شد و از سلطان «نشان افتخار» گرفت. همچنین در ۱۸۳۵ از طرف شاه ایران نشان شیر و خورشید را دریافت کرد.

 ژوبر چندین کتاب درباره تاریخ ایران و ارمنستان نوشت و سرانجام در ۲۷ ژانویه ۱۸۴۷ در پاریس بدرود حیات گفت.