شدت انفجار (که معادل ۱۸۰ تن TNT تخمین زده شده است) به حدی بود که چندین روستای اطراف آن تخریب شد و صدای مهیب آن در نیشابور و حتی مشهد هم شنیده شد. تعدادی از واگن‌های قطار مذکور حامل پنبه، گوگرد و بنزین بوده. در تمام مراحل حمل و جابه‌جایی مواد خطرناک از مبدأ تا مقصد باید مطابق با پروتکل‌های جهانی حمل این‌گونه مواد و استفاده از وسایط نقلیه خاص و به‌طور ویژه انجام شود.

برای حمل به‌وسیله قطارهای باری نیز باید تمهیداتی از جمله نصب علائم استاندارد هشدار دهنده و حرکت بدون توقف در اماکن مسکونی علاوه بر روش‌های معمول اعمال می‌شد. در اظهارات یکی از معاونت‌های وقت وزارت راه و ترابری که برای ادای توضیحات به مجلس شورای اسلامی فراخوانده شده بود، وی گفته بود که صاحبان محموله چون می‌دانستند هزینه حمل اینگونه محموله‌ها که مواد خطرناک تلقی می‌شوند گران‌تر است، از افشای نوع محموله خودداری کرده‌اند. شدت انفجار به حدی بوده که در محل حادثه گودالی به عمق ٢۵ متر در محدوده وسیع ایجاد شده و ترکش‌های جدا شده از قطار، بسیاری از افراد را کشت یا زخمی کرد. آتش همچنین بسیاری از افراد را خشک کرده و سوزاند. همچنین تعدادی از روستاها بین ۳۰ تا ۱۰۰ درصد تخریب شدند. از جمله  دو روستای «کریم آباد» و «هاشم آباد دهنو» درنیشابور دچار ۹۰ تا ۱۰۰درصد خسارت شدند.