باری برقراری حکومت قاجار با زمانی مصادف شد که مذهب مورد اتفاق اکثریت یعنی شیعه به طرز جدیدی تجدید سازمان می‌یافت. قاجاریه در این تجدید شرکت یا ارتباطی نداشتند، حداکثر سخنی که در این مورد می‌توان گفت این است که قاجاریه به‌دلایل مختلف در ازمنه گوناگون کوشیدند تا خود را به تشیع منتسب کنند و از این راه به درجات مختلف توفیق‌هایی یافتند. خاندان قاجار در اصل از نژاد عشایر بودند. در صورتی که صفویه خود را از اعقاب ائمه می‌دانستند، قاجاریه در مورد اصل و نسب خود فقط می‌توانستند به مغولان اشاره کنند. آنان ادعای مذهبی نداشتند، هرچند به‌طور آگاهانه یا ناآگاه بسیاری از تصوراتی را که در آن دوره راجع به قدرت سلطنت وجود داشت به ارث برده بودند. در دوره صفویه بین دولت و هیات مذهبی اتحاد نزدیکی وجود داشت اما تفوق از آن دولت بود، در دوره قاجار این اتحاد هرگز ثابت و خالی از قلق و اضطراب نبود، امنیت نسبی که در اوایل دوره قاجار به‌وجود آمد، با تجدید حیات زندگی شهری، بازرگانی و اداری تلفیق شد و محیط لازم را برای فعالیت‌های علما فراهم کرد. تا این حد جنبه حکومتی تجدید حیات ملی بر جنبه مذهبی آن نفوذ داشت. اما تا نیمه دوم قرن نوزدهم هرگز چیزی جز یک سلسله تماس بین حکمران و علما نمی‌توان دید. این تماس‌ها را یا حکمران به قصد کسب مجوزی برای حکومت خود انجام می‌داد، یا علما برای تثبیت امتیازات ویژه خودشان با تخفیف امتیازهای ویژه دولت انجام می‌دادند. روابط مزبور میان دولت و علما از لحاظ اهمیت و حجم در سراسر دوران قاجار روبه گسترش نهاد.

منبع: الگار، حامد، دین و دولت در ایران (نقش علما در دوره قاجار)، ترجمه ابوالقاسم سری، انتشارات توس، ۱۳۶۹.