نقص جسمی اختگی و پیامدهای سنگین اجتماعی آن برای آقامحمدخان بسیار زیانبار بوده، به‌طوری که همه زندگی سیاسی وی را تحت تاثیر قرار داده است. تقریبا همه تاریخ‌نگاران دوره اولیه قاجار در مورد خواجه شدن وی سکوت اختیار کرده‌اند. ناسخ‌التواریخ، اکسیرالتواریخ و تاریخ عضدی، اما تاریخ‌نگاران بی‌طرف در این مورد چندین روایت و فرضیه ارائه کرده‌اند. در روضه‌الصفا تاریخ واقعه در هفت یا هشت سالگی و آن هم توسط علی‌قلی‌خان افشار یا همان عادلشاه برادرزاده و جانشین نادرشاه ذکر شده است. تاریخ‌نگاران بعدی بسیاری نیز همین نظر را پذیرفته و عادلشاه را عامل این کار دانسته‌اند. این اقدام زمانی صورت گرفته که آقامحمدخان هنوز کودک بوده و قدرت حضور در جنگ‌ها را نداشته و صرفا برای قطع امید خاندان قاجاری توسط رقبا انجام شده است. «عادل‌شاه او را اخته کرد تا وی را به‌عنوان یک رقیب بالقوه از صحنه سیاست ایران حذف کند.» کتاب «شاهان از یاد رفته» از شاهزاده علی قاجار با همکاری سیلوی دروین این نظر را تایید می‌کند.

بنابه روایت دیگری، این اتفاق در خلال جنگ منجر به اسارت وی رخ داد. ژان گوره هر دو احتمال را ضعیف می‌داند. به‌ویژه دومی را که در آن صورت وی در آن تاریخ یعنی ۱۱۷۵ باید بیست ساله و دارای زن و فرزند باشد. چون در آن زمان پسران در ۱۵ یا ۱۶ سالگی زن می‌گرفتند، درحالی‌که زن و فرزندی از وی به ثبت نرسیده است. به نظر نگارنده این اقدام توسط عادلشاه و در کودکی و قبل از بلوغ انجام شده است.  شواهد تاییدکننده فرضیه در دو بخش ساماندهی می‌شود و دوره اختگی آقامحمدخان به دو دوره تقسیم می‌شود: دوره اسارت و زندانی به دست کریم‌خان زند که ظاهرا ۱۶ سال به طول می‌انجامد و دوره پادشاهی یا دوره اختگی قبل از پادشاهی و اختگی پس از پادشاهی. دوره اسارت وی از شعبان ۱۱۷۵ یعنی بیست سالگی آغاز می‌شود.

کریمخان زند خواست او را به قتل برساند یا دست‌کم کور کند اما زمانی که متوجه شد وی خواجه است، از آن صرف‌نظر کرد و گفت همین مجازات برای او کافی است. گفت‌وگوهای کریم‌خان‌زند با وی در چند محور است، همگی متضمن القای حس حقارت است: خواجگی، نجات‌بخش وی از مرگ یا کور شدن بود. به وی تذکر داد تو به‌دلیل خواجگی از قدرت سیاسی محروم و در پایان زندگی سیاسی خود هستی و نمی‌توانی مدعی صدارت، امارت و پادشاهی باشی و از لذت‌های زناشویی و تولید نسل نیز محروم خواهی ماند. کریمخان در ادامه از وی می‌خواهد به عبادت بپردازد و دست‌کم به‌دنبال کسب سعادت آخرت باشد.

در دوره اختگی قبل از پادشاهی در تهران، تبعات ظاهری و فیزیکی خواجگی بر بدن و یک سال پس از سکونت در تهران به تدریج در چهره‌اش آشکار شد. ریش و سبیل وی که روییده بود، رفته رفته از بین رفت و صورت فربه و زیبای او بی‌رنگ و لاغر شد. حتی حالت چشمان او تغییر یافت و صدایی شبیه صدای زن‌ها پیدا کرد که مایه‌سرافکندگی و احساس حقارت اجتماعی وی شد. این تغییرات به تدریج رخ داد و پس از چهارسال کوچک‌ترین اثری از زیبایی گذشته در او باقی نماند. این تغییر قیافه به درجه‌ای رسید که کریمخان زند آسوده خاطر شد و به اطرافیانش گفت که این خواجه محال است جای پدرش محمدحسن خان را بگیرد. بنابراین وحشتش از او از بین رفت و آزادی عمل بیشتری به او داد.  کریمخان در طول دوره‌ای که آقامحمدخان در شیراز بود، بنا به ضرورت‌های حفظ قدرت سیاسی و تداوم سلطنت، نمی‌خواست آقامحمدخان تشخص پیدا کند. مورخان دوره قاجاریه از ترس یا تملق، طوری تاریخ زندگی وی را نوشته‌اند که گویی آقامحمدخان در دربار کریمخان زند یک میهمان عالیقدر بوده است، درحالی‌که وضعیت یک اسیر یا گروگان را در شیراز داشته است.

امینه پاکروان از وضعیت وی در شیراز با تعبیر «نیمه اسیر»، «تبعیدی یا خانه به دوش» و عنوان «گروگان زندیان» مفهوم‌سازی می‌کند. در این مدت زندگی ساده‌ای داشته و در خانه کوچکی به سر می‌برده است. دلیل آن نیز جلوگیری کریمخان زند از وصولدرآمد از استرآباد به آقامحمدخان بود زیرا در این صورت عده‌ای اطرافش را می‌گرفتند و با تقویت پایه اقتصادی، نوعی قدرت و تشخص پیدا می‌کرد و خطری بالقوه محسوب می‌شد.  آقامحمدخان که در دوره اسارت نمی‌توانست از طریق ثروت و موقعیت سیاسی، بر احساس حقارت ناشی از اختگی و حقارت‌های وضعیت اسارت و گروگانی خود غلبه کند، می‌کوشید از مجاری دیگر برای کسب احترام اقدام کند. وی تخلیه روانی خود را در حیطه علمی و مطالعه و دانشمند شدن جبران کرد. در تهران شیخ‌علی تجریشی و در شیراز ظاهرا در مدرسه خان شیراز یا به‌صورت مطالعه آزاد کتاب، به تحصیل علم پرداخت. هرچند این امر از ناحیه پند و تربیت مادر در دوران کودکی در مورد شرط دانشمندی به‌عنوان لازمه پادشاهی هم تقویت می‌شد.

منبع: ابراهیم برزگر، «نظریه آدلر و روانشناسی سیاسی آقامحمدخان قاجار»، پژوهشنامه علوم سیاسی، ۱۳۸۷.